Поки частина армії Зіона, що залишилася, вступає в битву з нещадними машинами, агент Сміт підкорює світ Матриці. Нео вирушає в місто машин, зустрічається з "комп'ютерним богом" і укладає з ним договір. Людські долі та їх механічних супротивників залежать від результату битви Нео із Смитом....